Aos 18 de fevereiro de 1941, sob a bênção do Exmo. e Revmo. Sr. Bispo Diocesano de Taubaté, Dom André Arcoverde Albuquerque Cavalcanti, em seu último ano de pastoreio nesta Diocese, e em terreno doado pelo Sr. Antônio Xavier, teve início a edificação da primeira Capela dedicada a São Benedito, fruto também do generoso empenho dos moradores do bairro Estiva. Nesse contexto, realizaram-se piedosas procissões, posteriormente denominadas “Procissões de Tijolinhos”, conduzidas pelo Sr. José Clemente Gomes, nas quais os fiéis contribuíam com a oferta de tijolos para a construção do templo.
Aos 28 de fevereiro de 1945, no Santuário Diocesano de Santa Teresinha em Taubaté, foi solenemente abençoada a primeira imagem de São Benedito destinada à futura capela. Poucos dias depois, em 4 de março de 1945, foi inaugurada a Capela de São Benedito, então pertencente à Paróquia Santíssima Trindade.
No 12 de fevereiro de 1967, com a criação da Paróquia Nossa Senhora Mãe da Igreja sendo nomeado como 1º Pároco o diocesano Pe. Benedito Gil Claro (1967-1979), na qual, a referida capela passou a integrar a nova circunscrição paroquial.
Com a chegada do novo pároco, o Revmo. Pe. Armindo Antônio Kunz, SCJ. (1979-1999), cogitou-se a transferência da Igreja Matriz da Santa Cruz para a Capela de São Benedito; todavia, em razão de suas dimensões reduzidas, tal intento não pôde ser concretizado naquele momento. Assim, com a bênção do Exmo. e Revmo. Sr. Bispo Diocesano de Taubaté, Dom Carmo João Rhoden, SCJ, e contando com a colaboração da comunidade e de benfeitores, iniciou-se uma campanha destinada à construção de um templo mais amplo, que viesse também a ser elevado à dignidade de Santuário.
Deste modo, em meados de 1996, procedeu-se à demolição da antiga capela e, no início de 1997, deram-se os trabalhos de edificação do novo templo.
Finalmente, aos 12 de outubro de 1997, após da Santa Missa e uma Procissão multitudinária, foi inaugurada a nova igreja do Santuário de São Benedito, erigido quase no mesmo local da primitiva capela, o qual passou a constituir a Igreja Matriz da Paróquia. Desde então, a cada dia 5 do mês, celebra-se, neste Santuário, a Santa Missa em honra devocional a São Benedito.
Não obstante a promulgação do “Decreto de Criação do Santuário Diocesano de São Benedito” (Dec. 004/97) e a lavratura da “Ata da Dedicação do Santuário de São Benedito e Inauguração da Nova Sede da Paróquia Nossa Senhora Mãe da Igreja”, ambos datados de 12 de outubro de 1997, assinados pelo Exmo. e Revmo. Sr. Bispo Dom Carmo João Rhoden, SCJ, e pelo então chanceler, Revmo. Pe. Hugo Bertonazzi, somente aos 9 de maio de 2025, quinta-feira, o Exmo. e Revmo. Sr. Bispo Diocesano de Taubaté, Dom Wilson Luís Angotti Filho, realizou a solene celebração canônica da "Dedicação do Santuário de São Benedito", bem como a "Consagração do novo Altar".
Tal obra foi levada a efeito sob a responsabilidade do então pároco, Revmo. Pe. Geovane Inácio dos Santos, SCJ., ocasião em que se procedeu à substituição do altar e do ambão da Palavra, anteriormente em madeira, por novos elementos em mármore (altar, ambão e pia batismal), os quais permanecem até os dias atuais.
(por: Jaime Andrés Mori-Díaz - Secretário Paroquial)
Glorioso São Benedito, grande Confessor da fé, com toda a confiança venho implorar a vossa valiosa proteção. Vós, a quem Deus enriqueceu com os dons celestes, impetrai-me as graças que ardentemente desejo, para maior gloria de Deus. Confortai o meu coração nos desalentos.
Fortificai a minha vontade para cumprir bem os meus deveres. Vinde orientar-me nas horas decisivas da vida. Dai-me confiança nos desânimos e sofrimentos. Sede o meu companheiro nas horas de solidão e desconforto.
Assisti-me e guiai-me na vida e na hora da minha morte, para que eu possa bendizer a Deus neste mundo e gozá-lo na eternidade com Jesus Cristo, a quem tanto amastes.
Amém.